在八旗当中，正黄、镶黄、正白为上三旗，直接由皇帝管辖；其余的五旗，则分由其它官员管辖，称做下五旗。
清朝定都北京以后，满洲八旗的主力则按旗驻扎在北京城内外，人们称之为“禁旅八旗”。除正阳门外，北京的八个城门都有八旗兵驻防。当时清朝统治者认为北京的最大威胁来自北方，因此北面的德胜门和安定门是防守的重中之重，由皇帝亲自指挥的正黄、镶黄两旗驻防，其余的城门，则由剩下的六旗兵按照各自的方位，分别把守。出于同样的道理，清朝在京城的北部郊外也部署了相当的兵力，这也就是今天为什么北京的北面多有以“旗”、“营”为名的地名，而其他三个方向少有类似地名的原因。
八旗制度给北京留下的历史遗迹还间接地烙印在了皇城之内，在今天的北京地图上，我们总可以看到许多像北营房、南营房、东营房这样的地名，追根溯源，就是因为过去这些地方曾是驻守城门的八旗兵的营房。
北京宣武门外有一条胡同叫校场口，校场口附近还留存有校场头条至五条，历史上这一带曾经是八旗兵练兵、习武的地方。今天，当我们漫步在这些风韵无存的老胡同里时，刀光剑影的声声厮杀穿过了现代都市的阵阵喧嚣荡入耳畔，屋檐之下、门墩之后依稀若现五尺男儿们那威武矫健的身影。
想当年，德胜门外的西北这一带，是清军正黄旗旗营所在地。有军队驻守，理当太平，于是人们便称此地为太平营。解放以后这个当年的军营所在地被改名为北太平庄。今天的北太平庄军旅不在，容颜已改，只有太平依旧。
八旗制度从正式建立到1911年辛亥革命后清朝覆灭，共存在了近三百年，它是清王朝统治国家的重要军事支柱。古老的北京城，见证了它由盛及衰、由衰而亡的过程，而历史把这个见证绘记在了今天的地图之上。
八旗的渊源
众所周知，八旗制度既是军事组织又是农业生产组织，是一种兵农合一的制度。也许我们会想起，在中国的少数民族历史上还有一个女真人所建立的王朝也创立过这种兵农合一的制度。那就是清朝的前身金朝，完彦阿骨打所创立的猛安谋克制。但清太祖努尔哈赤所建立的八旗制度无疑是一种在此基础上的深化和完善。
早在努尔哈赤六世祖猛哥帖木儿时，建州女真就有了自己的军队。努尔哈赤的历史功绩在于对女真原有的军事组织加以改造，组见了一支纪律严明、骁勇善战的铁骑，并创立了八旗制度。
先是，女真人在出猎时，各出一支箭。十人中立一个总领；总领成牛录额真，后以牛录额真为官名。努尔哈赤起兵之后，将他的部族分为若干个牛录，每牛录统辖三百人。牛录额真已不是行猎时的小头目而成为女真部族的一级官员。牛录也不单单是围猎组织，也成为了军事组织。万历二十九年（1601年）努尔哈赤对建州女真军队初次整编，始设四旗，每三百人为一牛录，设牛录额真一员，并画一颜色。以黄、白、红、蓝四色为旗的标志。
万历四十三年(1615年)，努尔哈赤的军队已不下五六万人。他将原有的四旗，扩为八旗。规定每三百人设一牛录额真（参领），五甲喇设一固山额真（都统）。每旗约七千五百人八旗总共有五六万人。每个固山有特定的颜色的旗帜，所以汉语将固山译为旗。原有四旗用黄、白、蓝、红四种颜色做的旗帜有增添四旗。将原来的旗帜周围镶边，黄、白、蓝三色旗帜镶红边，红色旗帜镶白边，成为八种不同颜色的旗帜。不镶边的旗帜成为正旗，镶边的旗帜成为镶旗。从此八旗制度开始实行在女真军中。
到天命七年（1622年），始设的蒙古旗后发展为蒙古八旗。天聪五年（1631年），努尔哈赤第八子皇太极将满州八旗中的汉军选出，另组建了汉军八旗。于是，满州八旗、蒙古八旗、汉军八旗，共二十四旗，分为左右翼两旗，但统称为八旗。八旗制度“以旗统军，以旗统民”，他还掌管行政、经济、和家族组织。牛录额真下设二人副职，并设四名拔什库，管理村屯。牛录额真及其副职管理牛录的军事、民政、经济、土地、诉讼、婚丧等事物但以军事为主。八旗兵丁“出则为兵，如则为民”，平时耕猎，战时出征。出征时要自备马匹、器械、粮草；俘获，掠来的财物按军功分配。
努尔哈赤创建的八旗制度，以他为纽带，把女真社会的军事、行政、经济、家族统治起来女真各部的部民，按照军事方式分为三级加以编制。从而使分散的女真社会联结成为一体并结成了一个组织严密，生气勃勃的社会机体。八旗制度的创立是少数民族历史上的一次伟大的改革和一种创新。为清军最终问鼎中原奠定了坚实的基础。